محمود احمدی نژاد، در دوران ریاست جمهوری خود در دولت‌های نهم و دهم ملایان، در نقض حقوق شهروندان ایرانی نقشی مؤثر داشت. او با دخالت در پوشش زنان و راه‌اندازی گشت ارشاد، حقوق آنها را نقض کرد. توقیف نشریات، برخورد امنیتی و بازداشت روزنامه‌نگاران، فعالان مدنی و دانشجویان از دیگر اقدامات او بود. همچنین، پس از وقایع انتخابات ۱۳۸۸، تعدادی از معترضان در بازداشتگاه‌ها مورد خشونت و شکنجه قرار گرفتند. در جریان این رویدادها، دست‌کم ۵ نفر از بازداشت‌شدگان جان باختند.
در تاریخ ۳ مهر ۱۳۸۶، محمود احمدی نژاد پس از سخنرانی خود در مجمع عمومی سازمان ملل، در یک کنفرانس خبری در نیویورک حاضر شد. وی در پاسخ به پرسشی درباره چرایی نقض حقوق بهائیان در ایران، مانند بازداشت‌ها و عدم اجازه تحصیل در دانشگاه، «پیامبر بهائیان چه کسی است و چه زمانی مبعوث شده است؟» را بیان کرد.
در سال‌های ۱۳۸۵ تا ۱۳۸۸، طرح گشت ارشاد با نام رسمی «طرح ارتقای امنیت اجتماعی» اجرا شد. این طرح بر اساس مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی تحت عنوان «طرح جامع عفاف» بود. پس از تصویب «طرح جامع عفاف» و تأیید آن توسط خامنه‌ای، محمود احمدی نژاد (که رئیس شورای عالی انقلاب فرهنگی نیز محسوب می‌شد)، این طرح را به نیروی انتظامی ابلاغ کرد.
نیروی انتظامی در سال ۸۶ رسماً طرح گشت را آغاز نمود. در سال ۸۸، با نزدیک شدن به انتخابات حساس ریاست جمهوری، این طرح تقریباً کمرنگ شد. اما در سال ۸۹، با تغییر رویکردی جدید تحت عنوان «طرح امنیت اخلاقی» ادامه یافت. فعالیت گشت ارشاد در سال ۹۰ افزایش یافت و در تابستان ۹۱، به کنسرت‌ها نیز کشیده شد.
بیشتر بخوانید
اصغر نوعی از سرکوبگران و ناقضان حقوق بشر مردم ایران در نقده
در تاریخ ۲ مهر ۱۳۸۶، محمود احمدی نژاد در دانشگاه کلمبیا به سؤالی درباره تضییع حقوق زنان در ایران پاسخ داد. او اظهار داشت که زنان از آزادی کامل برخوردارند. این سخنان در حالی بیان شد که تنها چند ماه قبل از آن، یک مهمانی خصوصی در اصفهان با برخورد نیروهای اطلاعاتی مواجه شده بود. شرکت‌کنندگان این مهمانی مورد توهین، تحقیر و ضرب و شتم قرار گرفته بودند. «هستی»، یکی از شرکت‌کنندگان، در مصاحبه‌ای از آزار مداوم اداره اطلاعات اصفهان حتی پس از آزادی و صدور حکم خبر داد.
در نمایشگاه بین‌المللی کتاب، هر سال کتاب‌هایی از نویسندگانی مانند صادق هدایت، فروغ فرخزاد و عباس معروفی جمع‌آوری می‌شد. غرفه‌هایی نیز پلمب می‌گشتند. در این دوران، کتاب‌های خارجی، به‌ویژه در حوزه هنر، بیش از پیش در معرض سانسور قرار گرفتند. مجوز انتشار بسیاری از کتاب‌هایی که قبلاً بارها تجدید چاپ شده بودند، با بهانه‌های گوناگون لغو شد. همچنین، تعدادی از کافه‌کتاب‌های شناخته‌شده تهران، با دستور نیروی انتظامی و به بهانه «تداخل صنفی»، به مرور تعطیل شدند.
در مجموع، در دوره ریاست جمهوری محمود احمدی نژاد، ۴۶ نشریه توقیف گردیدند. تعدادی از این نشریات فقط به دلیل انتقادات از عملکرد دولت یا پس از وقایع انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ توقیف شدند.
پیش از اعلام نتایج انتخابات ریاست جمهوری در سال ۱۳۸۸ و اعتراضات پس از آن، بسیاری از فعالان مدنی، روزنامه‌نگاران و فعالان سیاسی توسط نیروهای وزارت اطلاعات بازداشت شدند. همچنین، بر اساس برخی گزارش‌ها، در جریان حمله ۲۵ خرداد ۱۳۸۸ به کوی دانشگاه تهران توسط نیروی انتظامی و لباس‌شخصی‌ها، مأموران تعدادی از دانشجویان بازداشت‌شده را به بازداشتگاه مخفی وزارت کشور منتقل کرده بودند. این بازداشتگاه در طبقات زیرین ساختمان وزارت کشور در خیابان فاطمی تهران قرار داشت.
در همین زمینه، کاظم جلالی، نماینده وقت مجلس ملایان و سخنگوی کمیته پیگیری وضعیت بازداشت‌شدگان اعتراضات سال ۸۸، در مرداد همان سال، وجود گزارش‌ها و اطلاعاتی درباره بازداشتگاه «منفی ۴ وزارت کشور» را تأیید کرده بود.
در تیر ۱۳۹۳ نیز علی فاضلیان، عضو دانشجویی کمیته حقیقت‌یاب دانشگاه تهران در واقعه کوی دانشگاه ۲۵ خرداد ۸۸، در این زمینه اظهار داشت: «در مورد بحث بازداشت دانشجویان در طبقه منهای چهار وزارت کشور؛ خدا را شاهد می‌گیرم که در آن لحظه من گفتم دروغ محض است ولی در گزارش‌های کمیته پیگیری ما به طبقه منهای چهار وزارت کشور رسیدیم.»
روزنامه گاردین نیز در تیر ۸۸، به نقل از شاهدان عینی و منابع خود، انتقال دست‌کم ۴۶ نفر از دانشجویان بازداشت‌شده را تأیید کرد. این دانشجویان در جریان حمله ۲۵ خرداد به خوابگاه دانشگاه تهران، به زیرزمین وزارت کشور منتقل شده بودند.
در گزارش این روزنامه، به نقل از یک شاهد عینی، آمده است: «ظرف یک ثانیه فهمیدم که این ساختمان اصلی وزارت کشور در خیابان فاطمی است. باورم نمی‌شد، سیاستمداران ارشد، اعضای پارلمان و بازرسان در طبقات بالایی بودند و ما در زیر زمین. شکی ندارم که در طبقات بالا مشغول تقلب در آرا بودند.»
مأموران پلیس در ۱۸ تیر ۱۳۸۸، با انتقال تعدادی از بازداشت‌شدگان اعتراضات آن روز به بازداشتگاه کهریزک، اقدام به ضرب و شتم شدید و اعمال انواع شکنجه‌ها کردند. ضرب و شتم شدید معترضان با لوله آب، آویزان کردن آنها به صورت برعکس، دفن در خاک بدون ساعت‌ها دسترسی به آب و غذا از جمله این شکنجه‌ها بود. همچنین، تعداد زیادی از بازداشت‌شدگان در سلول‌های کوچک نگهداری می‌شدند.
در نتیجه اعمال شکنجه‌های طاقت‌فرسا، ضرب و شتم بازداشت‌شدگان و عدم ارائه امکانات بهداشتی و درمانی به مجروحان، محسن روح‌الامینی، محمد کامرانی، امیر جوادی‌فر، رامین آقازاده قهرمانی و احمد نجاتی‌کارگر که در این بازداشتگاه نگهداری می‌شدند، جان خود را از دست دادند.
اگرچه آمار دقیقی از تعداد کشته‌شدگان اعتراضات سال ۸۸ در دست نیست، اما بر اساس گزارش منابع مختلف، دست‌کم ۱۱۲ نفر در جریان این اعتراضات کشته شدند. بیشترین این تلفات در تهران رخ داد.
علی مطهری، نماینده مجلس، تنها کشته‌شدگان تظاهرات ۳۰ خرداد ۸۸ در تهران را بین ۴۰ تا ۵۰ نفر اعلام کرده است. پیش از آن، در جریان تظاهرات روز ۲۵ خرداد نیز، دست‌کم ۲۰ نفر از معترضان کشته شدند.
در بازداشتگاه کهریزک نیز، که مستقیماً تحت نظر نیروی انتظامی اداره می‌شد، دست‌کم ۵ نفر از بازداشت‌شدگان به دلیل شکنجه به قتل رسیدند.
روزنامه گاردین نیز در تیر ۸۸، به نقل از شاهدان عینی و منابع خود، مرگ دست‌کم ۵ نفر از دانشجویان را تأیید کرده است. این دانشجویان در حمله نیروهای پلیس و مأموران لباس شخصی به کوی دانشگاه تهران در ۲۵ خرداد جان باخته بودند.
به نوشته این روزنامه، سازمان تحکیم وحدت، که یکی از سازمان‌های فعال دانشجویی است، مرگ این ۵ دانشجو را تأیید کرده بود. این مرگ‌ها در اثر «ضربات مکرر باتوم برقی به ناحیه سر» از سوی مأموران امنیتی و انتظامی روی داده بود.
سوابق سرکوب و نقض حقوق بشر محمود احمدی نژاد عبارت است از:
فرماندار ماکو
فرماندار خوی
مشاور استاندار استان کردستان
سال ۱۳۷۲: مشاور فرهنگی وزیر فرهنگ و آموزش عالی
از ۷ آذر ۱۳۷۲ تا ۷ آبان ۱۳۷۶: استاندار استان اردبیل
از ۳۰ اردیبهشت ۱۳۸۲ تا ۷ تیر ۱۳۸۴: شهردار تهران
از ۱۲ مرداد ۱۳۸۴ تا ۱۲ مرداد ۱۳۹۲: رئیس جمهور دولت نهم و دهم حکومت ایران
از ۱۳ مرداد ۱۳۹۲ تا کنون (تیر ۱۴۰۴) عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام
برخی از قربانیان جنایات، سرکوب و نقض حقوق محمود احمدی نژاد عبارتند از:
احمد نجاتی کارگر
امیر جوادی فر
محمد کامرانی
محسن روح الامینی
رامین قهرمانی
در روز دوشنبه ۲۷ شهریور ۱۴۰۲، وزارت خزانه‌داری آمریکا، محمود احمدی نژاد را تحریم کرد. دلیل این تحریم، «بازداشت نادرست شهروندان آمریکا» و «انتصاب دو وزیر اطلاعات شامل غلامحسین محسنی اژه‌ای و حیدر مصلحی» بود. همچنین، «مشارکت این وزارتخانه در ربودن باب لوینسون و ۳ کوهنورد آمریکایی به نام‌های شین بوور، جاشوا فاتال، و سارا شورد» نیز از دلایل این تحریم ذکر شد.
